Nel periodo medievale assistiamo alla decadenza completa della citta' portuale e della magistrale organizzazione che ebbe la sua massima efficienza in epoca imperiale. Mancando la cura e la manutenzione del fiume, questo riprese il sopravvento sulle opere dell' uomo.

I fenomeni di decadimento dell' intero corso del fiume furono causati soprattutto dall' avanzamento della foce con conseguenti accumuli dei detriti sabbiosi lungo il canale di Ostia e nel Porto di Claudio, e dalle continue deviazioni dell' alveo a seguito delle annuali inondazioni. Ad Ostia, prima della riapertura della Fossa Traianea effettuata nel 1583, in seguito ad una violenta alluvione, il fiume cambio' corso abbandonando nel 1557 una grande ansa presso il castello della citta'. L' esame degli " Statuti di Ripa e di Ripetta " dal 1416 scritti su codice membranaceo, fissano e regolano la rinata attivita' daziaria e commerciale di due aree portuali che possiamo definire discendenti rispettivamente dei Navalia e del porto presso l' area del Testaccio. Negli statuti si parla del porto di Ripa Romea ( ubicato nei pressi dell' odierna Porta Portuense ), che fu utilizzato quando gli approdi lungo la riva sinistra del lato di Testaccio vennero definitivamente abbandonati.

I pellegrini che giungevano a Roma trovavano piu' semplice sbarcare sulla riva destra per raggiungere a piedi, attraverso Trastevere, la tomba di san Pietro. Nel 1642 Urbano VIII modifico' il percorso delle mura in questo settore e gli ormeggi di Ripa Romea si trovarono all' esterno e particolarmente esposti. per questo motivo, nel 1692, il porto venne spostato piu' a monte nella zona poi denominata di Ripa Grande, contraddistinta dalla presenza dell' Ospizio di san Michele. Il porto di Ripetta invece fu costruito nel 1704, sulla riva sinistra, probabilmente sulle strutture di un' area portuale ben piu' antica, e servi' piu' che altro ai collegamenti con la parte centrale dell' Italia.

Prima dell' introduzione dei rimorchiatori a vapore, utilizzati fino al 1905, era in uso ancora l' antico sistema di alaggio, praticato dalla foce al porto di Ripa Grande e da quello di Ripetta agli ultimi attracchi dopo la localita' di Borghetto. Il traino avveniva utilizzando buoi ed uomini, che spesso erano detenuti impiegati in questo duro servizio. Fino al 1877 il Tevere mancava di adeguate opere di difesa dalle inondazioni ed il deflusso delle acque era ostacolato dalla presenza in alveo di ruderi crollati, scarichi di detriti e " passonate " , sorta di dighe artificiali in legno necessarie per il funzionamento dei mulini galleggianti. Generalmente quando le acque del fiume superavano i m. 12,43 dall' idrometro posto nel porto di Ripetta, iniziava l' inondazione della citta'. Nel 1870 le acque in piena raggiunsero a Ripetta i m. 17,22 ed inondarono 178 ettari di territorio cittadino. Questo avvenimento in particolare impressiono' il governo del nuovo Regno d' Italia, con Roma capitale, che rapidamente riuni' in commissione i piu' illustri ingegneri idraulici dell' epoca per studiare le soluzioni necessarie e porre rimedio a cosi' disastrose inondazioni. La Commissione del 1871 approvo' il progetto dell' ingegner R. Canevari che, in un primo momento, prevedeva l' eliminazione dell' Isola Tiberina attraverso l' interramento del braccio sinistro del fiume. Per dare una piu' ampia sezione al deflusso delle piene e ridurne il rigurgito, si stabili' anche l' ampliamento delle luci di ponte Elio, Cestio e Palatino. Nel tronco urbano si decise altresi' la costruzione di muraglioni alti metri 18,20 sull' idrometro di Ripetta, e terminanti in due banchine larghe m. 15. Lungo le due rive collettori delle acque della citta' dovevano impedire il rigurgito del Tevere entro le fogne urbane. Infine si decise la costruzione di sei ponti: Margherita, Cavour, Umberto I, V. Emanuele II, Mazzini e Garibaldi ( fautore dell' inizio dei lavori di arginatura del Tevere).